คุณสมบัติของผู้เข้าศึกษาต้องเป็นไปตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ว่าด้วยการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา พ.ศ. 2553 ข้อ 7 ดังนี้

                  1. ต้องไม่เป็นโรคติดต่ออย่างร้ายแรงซึ่งจะเบียดเบียนหรือเป็นอุปสรรคขัดขวางต่อการศึกษา

                  2.  ต้องไม่เป็นผู้มีความประพฤติเสื่อมเสียอย่างร้ายแรง

                  3.   ต้องไม่เคยถูกคัดชื่อออกจากมหาวิทยาลัยหรือสถาบันอุดมศึกษาอื่นเพราะมีความผิดทางวินัย ภายในระยะเวลา ๑๐ ปี ก่อนการสมัครเข้าเป็นนักศึกษา

                  4.   คุณสมบัติอย่างอื่นตามที่สภามหาวิทยาลัยกำหนดไว้ในหลักสูตร หรือตามที่สภามหาวิทยาลัยอนุมัติให้เป็นกรณีพิเศษ

                        การกำหนดคุณสมบัติตามวรรคหนึ่ง ให้ประกาศอย่างชัดเจนในการรับสมัครเข้าศึกษา

 และมีคุณสมบัติดังนี้

สำหรับผู้ที่จะเลือกเรียน แผน ก 1 ซึ่งเป็นการทำวิทยานิพนธ์อย่างเดียว ต้องมีคุณสมบัติดังนี้

1. เป็นผู้สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีสาขาวิชาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ การแพทย์แผนไทย หรือสาขาที่เทียบเท่าจากสถาบันการศึกษาที่สภามหาวิทยาลัยรับรองวิทยฐานะ โดยต้องมีค่าระดับเฉลี่ยสะสมไม่ต่ำกว่า 3.00  มีประสบการณ์งานวิจัย และมีผลงานตีพิมพ์ที่เป็นชื่อแรกอย่างน้อย 1 เรื่อง ที่นอกเหนือจากสารนิพนธ์

สำหรับผู้ที่จะเลือกเรียน แผน ก 2 ซึ่งเป็นการศึกษารายวิชาและการทำวิทยานิพนธ์ ต้องมีคุณสมบัติดังนี้

1.  เป็นผู้สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี หลักสูตรแพทยแผนไทยประยุกต์บัณฑิต แพทย์แผนไทยบัณฑิต วิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์ วิทยาศาสตร์สุขภาพ แพทยศาสตรบัณฑิต ทันตแพทยศาสตรบัณฑิต สัตวแพทยศาสตรบัณฑิต เภสัชศาสตรบัณฑิต หรือสาขาที่เทียบเท่าจากสถาบันการศึกษาที่สภามหาวิทยาลัยรับรองวิทยฐานะ โดยต้องมีค่าระดับเฉลี่ยสะสมไม่ต่ำกว่า 2.50 หรือ

2. เป็นผู้สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ โดยต้องมีค่าระดับเฉลี่ยสะสมไม่ต่ำกว่า 3.00

1. ได้ระดับ P (ผ่าน) ในการศึกษาวิชา ผท.600 สัมมนาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร 1 และ ผท.601 สัมมนาการแพทย์แผนไทยและสมุนไพร 2 (แผน ก แบบ ก 1)

2. ได้ศึกษาลักษณะวิชาต่างๆ ครบตามโครงสร้างหลักสูตร และมีหน่วยกิตสะสมไม่น้อยกว่า 36 หน่วยกิต และได้ปฏิบัติตามเงื่อนไขอื่นๆ ที่หลักสูตรได้กำหนดไว้ครบถ้วน (แผน ก แบบ ก 2)

3. ได้ค่าระดับเฉลี่ยสะสมไม่ต่ำกว่า 3.00 (จากระบบ 4 ระดับคะแนน) (แผน ก แบบ ก 2)  

4.  ได้ค่าระดับ P (ผ่าน) ในการสอบภาษาต่างประเทศ ตามเกณฑ์ที่มหาวิทยาลัยกำหนด

5. ได้ระดับ S (ใช้ได้) ในการสอบวิทยานิพนธ์ โดยการสอบปากเปล่าขั้นสุดท้ายที่คณะ กรรมการคณะแพทยศาสตร์แต่งตั้ง รวมทั้งเป็นระบบเปิดให้ผู้ที่สนใจเข้าฟังได้ และดำเนินการส่งเล่มวิทยานิพนธ์ตามระเบียบที่มหาวิทยาลัยกำหนด

6. ผลงานวิทยานิพนธ์

แผน ก แบบ ก 1 ผลงานวิทยานิพนธ์ หรือส่วนหนึ่งของวิทยานิพนธ์ ต้องได้รับการตีพิมพ์ หรืออย่างน้อยได้รับการยอมรับให้ตีพิมพ์ในวารสารระดับชาติหรือนานาชาติที่มีคุณภาพตามประกาศคณะกรรมการการอุดมศึกษา เรื่อง หลักเกณฑ์การพิจารณาวารสารวิชาการสำหรับการเผยแพร่ผลงานทางวิชาการ จำนวนอย่างน้อย 1 เรื่อง

แผน ก แบบ ก 2 ผลงานวิทยานิพนธ์ หรือส่วนหนึ่งของวิทยานิพนธ์ ต้องได้รับการตีพิมพ์ หรืออย่างน้อยได้รับการยอมรับให้ตีพิมพ์ในวารสารระดับชาติหรือนานาชาติที่มีคุณภาพตามประกาศคณะกรรมการการอุดมศึกษา เรื่อง หลักเกณฑ์การพิจารณาวารสารวิชาการสำหรับการเผยแพร่ผลงานทางวิชาการ หรือนำเสนอต่อที่ประชุมวิชาการโดยบทความที่นำเสนอฉบับสมบูรณ์ (Full Paper) ได้รับการตีพิมพ์ในรายงานสืบเนื่องจากการประชุม (Proceeding) ดังกล่าว จำนวนอย่างน้อย 1 เรื่อง